Wyobraźmy sobie, że przed nami niewielka polanka z wiatą dla turystów, znajdująca się mniej więcej w połowie Drogi Królewskiej na Święty Krzyż. Drogę naszą w tym miejscu przecina, wijący się zakosami przez leśne knieje, dawny trakt wjazdowy na Święty Krzyż, wytyczony przez Benedyktynów w celach gospodarczych, zwany drogą „benedyktyńską”, „przeorską”, a obecnie „zieloną”. Drogą tą, wozami konnymi lub ciągniętymi przez woły, dostarczano do klasztoru zaopatrzenie, a także surowiec budowlany (m.in. kamień z nieodległego Kunowa) potrzebny po częstych zniszczeniach obiektów opactwa na przestrzeni dziejów. Prawdopodobnie drogą tą dostarczano na szczyt góry kamień i drewno już w średniowieczu – na budowę pierwotnych romańskich budynków klasztornych i kościoła. Za panowania Austriaków drogę pod samym szczytem wybrukowano, aby ułatwić wozom dojazd do klasztoru, a zwano ją wówczas „cesarsko – królewską”. Jesienią 1941 r. Niemcy gnali tędy do – urządzonego na terenie klasztoru – obozu tysiące obdartych i wynędzniałych jeńców sowieckich, nie szczędząc im ciosów zadanych kolbami karabinów i szczując psami. Ta upiorna kawalkada ludzkich cieni przeszła tu swoją drogę krzyżową. Tych, którzy nie podołali trudom wędrówki – trupy i konających z głodu oraz wycieńczenia – wrzucano na wiejskie furmanki. Większość z tych, co dotarli do celu, nie przeżyła „piekła na świętej górze”, o czym szerzej opowiemy później.
Na polance, przed wiatą turystyczną, skręcamy w ów dawny trakt jezdny na lewo, by po przejściu ok. 50m dotrzeć do potężnego, pomnikowego buka i urządzonego obok niego przez leśników miejsca wypoczynkowego. To okazałe drzewo – którego dziś jedynie nędzne szczątki możemy tu oglądać - buk zwyczajny (Fagus sylvatica L.) miał 24m wysokości, ponad 5m średnicy w pierśnicy (mierzona na wys. 130cm od ziemi) i liczył sobie, wg niektórych szacunków, ok. 600 lat, pamiętał więc czasy założyciela dynastii Jagiellonów, stąd otrzymało nazwę „buk Jagiełły”. Choć niektórzy szacują jego wiek na ok. 353 lata. Przez Polskę przebiega płn. – wsch. granica zasięgu tego gatunku drzewa. W dziuplach starych buków kryje się pajączek Lepthyphantes midas – znany w Polsce tylko z Łysogór. Walery Przyborowski, we wstępie do „Almanzora”, pisał: „Wszak pamiętasz nasze rozmowy długie pod bukiem starym, może Chrobrego trąbkę myśliwską pomnącym, z widokiem na Góry Świętokrzyskie i na iglicę kościoła Emerykowego? Szumiały nam bory sine, zapach żywicy modrzewiowej nas upajał, a cień ruchliwy orła, kołyszącego się na błękicie, mówił nam o zmienności i ruchliwości życia własnego”. Natomiast S. Żeromski w „Popiołach”, pisał tak: „Olbrzymi buk stał samotny, twardy i zimny, jakby nie należał do drzew. Król na Łysicy! Nie drżą przed wiatrem jego gałęzie, pień się nie schyla. Rozłożysty, nad lasy wyniesiony wierzchołek patrzy się z władczego cypliska w szerokie niziny na północ i na południe, ogląda się po górach jednoramiennych”.
Dzisiejszy obraz łysogórskich lasów ukształtował toporem starożytny hutnik i jego słowiańscy następcy. Nie oszczędziły puszczy na przełomie XIX i XX w. oraz podczas I wojny światowej piły i topory austriackiego zaborcy. Lepiej nieco było w okresie tzw. Królestwa Polskiego pod zaborem moskiewskim. Jednak, gdy w roku 1881 administrowanie przejęły władze rosyjskie, rozpoczęła się masowa wycinka drzew. Po utworzeniu w budynkach klasztornym na Łyścu „Więzienia ciężkiego”, na mocy carskiego ukazu o „Prześwietleniu dróg”, ponownie wycięto drzewa wzdłuż całej Drogi Królewskiej, usuwając pas drzew o dł. 2km i szerokości ok. 400m. Nieco później wycięto wszystkie drzewa wokół klasztoru, aby utrudnić ucieczkę więźniom. Później puszcza ucierpiała mocno podczas II wojny światowej, kiedy to Niemcy wycinali drzewa pod nową drogę z Nowej Słupi na szczyt.
Oprócz buków, gatunkiem dominującym w drzewostanie Łysogór jest jodła. W latach 70. i 80. XX w. panosząca się zwójka jodłowa (malutki motyl, którego gąsienice, pożerając jodłowe igliwie, doprowadzają drzewo do agonii), sprzymierzona z kornikiem (którego drzewo w pełni sił balsamuje żywicą), doprowadziła do wyniszczenia wielu jodeł, tworząc prawdziwe ich cmentarzyska, które do dziś można oglądać. Zginęła wówczas większość bardzo starych drzew, ale jeszcze dziś spotyka się przecie tutaj prawdziwe jodłowe kolosy – liczące nawet blisko 400 lat, mające pnie o średnicy 120cm, a sięgające na wysokość nawet 45m. Zwójka występowała tu zawsze, jednak jej śmiercionośna ekspansja była możliwa, gdyż drzewostan puszczy osłabiły skażenia powietrza, obniżenie poziomu wód gruntowych i inne zgubne czynniki. Robaczkowi wypowiedziano wojnę, tępiąc go przy pomocy preparatów biologicznych, jednak jodły, rosnące na terenach objętych ochroną ścisłą – nie poddane tym zabiegom – same potrafiły uporać się z tym żarłocznym szkodnikiem. Wszelako, gdy zwójka siała spustoszenie w Puszczy Jodłowej, wielu naukowców wieszczyło rychlejsze, niż się spodziewali, zamieranie jodły, jako gatunku, na płn. rubieży jej zasięgu, którą wyznaczają Góry Świętokrzyskie. Eksperci ci na szczęście pomylili się, bowiem dziś kondycja jodły na tym terenie jest bardzo dobra. Drzewa martwe ponadto, spełniają w – rządzącej się swoimi prawami – puszczy bardzo ważną rolę, pełniąc liczne, niezwykle istotne, funkcje biologiczne – stając się wylęgarnią grzybów, glonów, porostów i wielu żyjątek, jak skąposzczęty, skorupiaki, pająki, wije, które nie zagrażają drzewom żywym, a spełniają rozliczne pożyteczne funkcje. W próchnie butwiejącego drzewa występuje np. ślimaczek o nazwie Semilimax kotulai, mający metrykę sięgającą epoki lodowcowej. Drzewa niszczone są także w wyniku działania żywiołów natury, jak nawałnice czy huragany. Sporym problemem był od dawna i jest obecnie nielegalny wyrąb drzew na terenie ŚPN, prowadzony przez okolicznych mieszkańców. W puszczy naliczono ponad 30 gatunków drzew i każde ma tu do spełnienia wyznaczoną rolę. Na zboczach Łyśca panują jednak niepodzielnie drzewostany jodłowe. Oprócz jodły i buka wyróżnia się – występujący tu niegdyś licznie – modrzew polski, cechujący się dużą trwałością oraz odpornością na szkodniki – przetrzebiony mocno przez wieki dla celów budowlanych, a będący dziś pod ochroną.