Niektórzy naukowcy twierdzą, że w czasach przedchrześcijańskich na szczycie Łysej Góry znajdowała się pogańska świątynia, w której za czasów słowiańskich miano oddawać cześć bożkom związanym z siłami przyrody. Najprawdopodobniej jeszcze wcześniej – w czasie funkcjonowania na tym obszarze – w okresie od II w. p.n.e. do IV w. n.e. – starożytnego ośrodka metalurgicznego, rozwijanego przez germańskie ludy kultury przeworskiej – oddawano na szczycie Łyśca – w tzw. świętym gaju – cześć bóstwom przyrody. Wtedy to po szczycie góry mogli przechadzać się siwi, brodaci druidzi, tacy, jak… dajmy na to… Panoramix;)
Większość badaczy uważa, że kościół i klasztor benedyktyński wzniesiono tu najprawdopodobniej za czasów panowania Bolesława Krzywoustego, czyli w 1.poł. XII wieku. Jeśli chodzi wreszcie o przekazanie do tutejszego klasztoru sławnych relikwii Drzewa Krzyża Świętego, to historycy zgadzają się na ogół, że nastąpiło to na przełomie XIII i XIV w., a nikt nie ma cienia wątpliwości, że opactwo łysogórskie niebywale zyskało wówczas na znaczeniu i stało się celem licznych pielgrzymek, a z czasem najważniejszym polskim sanktuarium. Odtąd pielgrzymowali tu wszyscy polscy królowie. Nie oszczędziły jednak klasztoru i klęski, bowiem np. kilkakrotnie nawiedzał go pożar, łupili go Szwedzi i Siedmiogrodzianie. Klasztor świętokrzyski – straciwszy już w XVII w., na rzecz Jasnej Góry, palmę pierwszeństwa wśród sanktuariów ogólnopolskich – na przełomie XVIII i XIX w. spada już głównie do roli regionalnego ośrodka pielgrzymkowego. Ostatecznym ciosem jest kasata klasztoru na pocz. XIX wieku.
Dalsze lata, to ciąg profanacji i zniszczeń… Carskim ukazem z roku 1882 r. większość klasztornych pomieszczeń przeznaczono na... więzienie karne. Więzienie przetrwało w budynkach klasztornych aż do czasów II wojny światowej, ciesząc się ponurą sławą jednego z najcięższych więzień w kraju, bowiem w okresie II Rzeczypospolitej mieściło się tu Więzienie Ciężkie, a w latach 1941 – 1942 Niemcy urządzili na Łyścu obóz zagłady dla jeńców sowieckich. Podczas I wojny światowej Austriacy wysadzili w powietrze wieżę kościelną. W roku 1936 pobenedyktyńskie obiekty sakralne przejęli Misjonarze Oblaci Maryi Niepokalanej, którzy gospodarzą tu po dziś dzień. Dnia 6 IX 1939 r. niemieckie samoloty bombardują klasztor, powodując olbrzymie zniszczenia. W kwietniu 1950 r. teren ten wszedł w skład, utworzonego wówczas, Świętokrzyskiego Parku Narodowego, a w części budynków klasztornych urządzono Muzeum Przyrodniczo – Leśne ŚPN. Od tego momentu rozpoczyna się też odbudowa klasztoru świętokrzyskiego ze zniszczeń, trwająca po dziś dzień.